具有唯一ID的MCU在程序加密上有獨特的優勢，就是利用這唯一ID對程序加密，使程序只能在這唯一ID上使用，做到程序不能直接硬拷貝。具體做法就是在燒錄程序時先讀出MCU的唯一ID，然后把這ID寫入程序中，目標程序中要有判別這唯一ID的函數，程序運行時要對ID進行核對，如果不對，則程序非正常運行。做的高級點在程序空間開辟16-64字節的空間，把這唯一ID號加上一些隨機數據使用DES或其他加密算法進行加密，然后燒錄到該MCU中。同時計算該程序的校驗和(最好是unsigned long)一并燒錄的MCU中, 目標程序運行時不定時計算自己的校驗和,發現不對則程序非正常運行。程序運行時解密這些數據，然后再與唯一ID對照，如果錯誤則不正常運行。這樣做的目的是讓非法拷貝程序難道增加，必須讀懂程序，然后再修改相關方才能成功。這樣給非法拷貝增加了相當難度。
要做到以上的程序加密，就要有個自定義程序燒錄工具。本人在研究了STC11F系列的燒錄時序后開發了專用燒錄工具，燒錄時先燒錄一個專門讀唯一ID的程序，然后運行這程序，讀出ID，然后進行DES加密處變成16字節數后加入到真正的目標程序然后燒錄這唯一適合該MCU的程序到該MCU。由于這些過程都是由程序控制的，與燒錄一個程序沒什么本質的區別，還可脫機燒錄，非常方便。
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